照李纯的意见办事，由平海军和兴中军先后将两个天皇及家人送到北九州，由田弘正派人乘船将两人押送到登州，再由武元衡派人送到长安。
扶桑各地，除了九州岛的战事进行的比较彻底，算是唐军完全占领，本州岛奈良以西算是勉强占领，四国岛和本州岛中东部唐军尚未占领。
那些未被占领的地区，本来就是依靠扶桑的原傀儡政权代为管理，天皇政权一旦垮台，这些地方就成了割据势力。
扶桑人本来就性格强硬、崇尚武力，被唐军打败后本来就心怀怨恨，这次又把他们的两个天皇送到唐朝软禁，就相当于点燃了火药桶。
扶桑各地的势力开始秘密串联，筹划发起一场大型叛乱，赶走唐军，重建扶桑国。
天皇政权倒台后，扶桑境内林立着很多谋求反唐的势力，实力最强的是江户藩主北条政康。
江户（今日本东京）位于本州岛东部，拥有扶桑最大的关东平原，境内人口众多，实力雄厚。当地原本就驻军两万，北条政康又积极招徕战败的散兵游勇，还吸纳了很多浪人武士，将军队扩充到了四万。
本州中部的美浓（名古屋一带）、北部的越后，东北部的陆奥等各大势力，也都乘机扩军，先后汇合到江户，拥立北条政康为征夷大将军，共聚集了8万大军向西讨伐唐军。
北条政康带领的扶桑军一路招徕武士加入，声势浩大，在元和10年2月份到达奈良附近时，已经拥有12万人马，他们将奈良团团围住，并分兵攻击大阪。
加藤康立、山田一郎、山冈正成等降将趁机逃脱，加藤康立从冈山向北逃到出云一带，召集4万军队，准备反击兴中军，山冈正成逃到四国岛，在四国聚集兵力2万人，准备与加藤康立联手攻击兴中军，山田一郎则逃到了北条政康军中，作为北条军的先锋，欲报夜袭失败之仇。
九州岛的扶桑人闻讯，也有部分降兵复叛，但是田弘正准备比较充分，吴元济在新罗抽调的3万新罗军也赶到了，他们迅速反击，以较快的速度扑灭了九州岛的叛乱。
严秦对扶桑军的叛乱，非常愤怒，带领兴中军分头剿灭，可是这些扶桑军学精了，不敢跟唐军硬碰，玩起了游击战。
大队唐军一去，他们就躲进山中，如果有唐军落单，或者出现小股的唐军，扶桑叛军就发动袭击，搞得兴中军疲于应付，只敢抱团行动，难以实质上重创扶桑叛军。
李元奕就更难过了，扶桑军越聚越多，将奈良和大阪围住，不断发动袭击，平海军
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